Los procesos de investigación que adelanta el MAJCC, los realiza por intermedio del Grupo de Investigación en Arqueología y Diversidad Sociocultural Prehispánica - ARQUEODIVERSIDAD - adscrito al Departamento de Artes Visuales y Estética de la Facultad de Artes Integradas. Los programas de investigación más relevantes, realizados desde el año 2000, son los siguientes:
Diversidad Sociocultural Prehispánica en el Norte de Sur América (Desde el año 2000)
Estéticas Prehispánicas (Desde el año 2005)
Prospecciones Geoarqueológicas en el Valle del Cauca (2000-2016)
Para desarrollar estos programas, el MAJCC cuenta con un laboratorio de Arqueología y unas fuentes documentales conformadas por una ceramoteca y una osteoteca.
