Las investigaciones que adelanta el MAJCC se realizan por intermedio del Grupo de Investigación en Arqueología y Diversidad Sociocultural Prehispánica (Arqueodiversidad) del Departamento de Artes Visuales y Estética de la Facultad de Artes Integradas. Los programas de investigación más relevantes, realizados desde el año 2000, son los siguientes:
- Diversidad sociocultural prehispánica en el norte de Sudamérica (desde el año 2000)
- Estéticas prehispánicas (desde el año 2005)
- Prospecciones geoarqueológicas en el Valle del Cauca (2000-2016)
Para llevar a cabo su investigación, el MAJCC cuenta con un laboratorio de Arqueología que tiene una colección de cerámica y otra de huesos humanos.
